Das Baptisterium war ebenfalls vom Patriarchen Bertrando 1348 in Auftrag gegeben worden und stellt ein einzigartiges Stück gotischer Baukunst ungewöhnlich reiner französisch-zisterziensischer Prägung dar, wohl auch beeinflusst von der französischen Herkunft des Patriarchen selber. Die schönen Rippen des Gewölbes enden in einem großen Schlussstein mit der Figur Johannes des Täufers und seinem Verweis auf den Schriftzug „Ecce Agnus Dei“.

Von ungewöhnlicher Qualität und Schönheit ist der ausgestellte Sarkophag, in dem vor der barocken Umbettung unter den heutigen Hauptaltar die Gebeine des Patriarchen Betrando lagen. Der Patriarch selber hatte ihn 1348 für Aquileia in Auftrag gegeben um den beiden Titelheiligen Hermagor und Fortunatus eine würdige Grab- und Gedenkstätte zu schaffen. 1353 wurde er nach Udine gebracht, um den ermordeteten Patriarchen selber darin zu bestatten, als würdiger Nachfolger des Märtyrerbischofs Hermagor und seines ebenfalls enthaupteten Diakons Fortunatus, eine Entscheidung, die sicher mit dem eigeleiteten Heiligsprechungsprozeß in Zusammenhang stand, welche immerhin zur tatsächlichen Seeligsprechung führte.

Der Sarkophag zeigt innerhalb einer typisch venezianisch-gotischen Rahmung plastische Reliefs mit Szenen aus der Vita der beiden Heiligen in einem von antiken Sarkophagen geprägtem Stil des 14. Jahrhunderts. Ganz anders dagegen die stark byzantinisch beeinflussten Trägerfiguren, deren einmalige Eleganz und Schönlinigkeit einen ganz ungewöhnlichen Beitrag zur europäischen Gotik darstellt; bei Ihnen handelt es sich vielleicht um die 4 heiligen Märtyrerinnen von Aquileia Erasma, Tecla, Dorothea und Eufemia sowie in der Mitte den heiligen Valentinian.